le Ninjutsu, l'art d'utiliser les techniques ninja.
Cette spécialité particulière permet l'utilisation des techniques d'affinité. Sans maîtrise du ninjutsu, il est donc impossible d'utiliser son affinité. C'est donc pourquoi tout ninja dispose, dés son arrivé en jeu, de la spécialité "ninjutsu de niveau 1", qui lui permet d'utiliser les techniques de niveau "1" de sa ou ses affinités.
Pour maîtriser les techniques d'affinité(s) de niveau supérieur (de 2 jusqu'à 4), le ninja devra augmenter le niveau de sa spécialité ninjutsu.
Le niveau "1" de la spécialité ninjutsu permet également l'utilisation de ces trois techniques par tout le monde (elles ne sont pas décomptées des techniques auxquelles le ninja a droit) :
Henge no jutsuL'utilisateur transforme son corps pour tromper quelqu'un.
Kawarimi ou Kawane no jutsuL'utilisateur echange sa place avec quelqu'un ou quelque chose l'entourant pour éviter une attaque ou troubler l'ennemi (un kawarimi avec un être vivant est plus compliqué à exécuter qu'avec un objet).
Bunshin no jutsuL'utilisateur créé un ou plusieurs clones immobiles pour troubler l'ennemi et se camoufler. Les clones explosent au premier coup perçu.